Рослини
Алтайський заповідник на своїх величезних територіях розміщує гори і альпійські луки, хвойні ліси і гірську тундру, бурхливі річки і найчистіші високогірні озера. Багаті ці краї і різноманітною рослинністю. Серед деревних порід найбільше поширені сибірські кедри, модрини, ялиці, сосни, ялини і карликові берези. Гордість заповідника – високогірні ліси з кедра. Діаметр стовбурів деяких найдавніших примірників (вік від 300 до 400 років) досягає двох метрів.
Інші представники рослинного світу: 1500 різновидів вищих судинних рослин, 136 видів грибів, 668 різних видів водоростей і 272 різновиди лишайників. Під деревами ростуть трави гігантських розмірів, непрохідні місця багаті заростями малини, смородини, черемхи, калини та горобини. Більш кам’янисті гірські схили уподобані кущами дикого агрусу і кущиками вічнозеленого маральника. Серед рослин є і реліктові (більш 20 видів), в числі яких маренка, копитняк європейський, цирцея, воронець та ін.
Червона книга
З 1,5 тисяч різновидів судинних рослин Алтайського заповідника, 22 включені до списків Червоної книги РФ і 49 до місцевої Червоної книги. З рослин Червоної книги Росії тут зростають ковила пірчаста та залеський, ревінь алтайський, 3 різновиди Венериного башмачка, зубянка сибірська та ін
Два види з 68 ссавців заповідника перебувають у списках Міжнародної Червоної книги. Це алтайський гірський баран і сніжний барс. Червона книга Росії включає у свій склад північного оленя та деякі рідкісні види комах.
22 види птахів з 343 входять до складу Червоної книги РФ. Серед них чорний лелека, гірський гусак, звичайний фламінго, орел-білохвіст, степовий орел і пр. В Міжнародну Червону книгу увійшли 12 видів, серед яких степовий лунь, кучерявий пелікан, могильник, белоглазый нирок, орлан-долгохвост і орлан-білохвіст, чорний гриф, дрохва та ін
