Загальні методи для гаплотипів
Замість того щоб розглядати кожен маркер окремо, можна спільно тестувати конкретні комбінації алельних варіантів у серії щільно пов’язаних маркерів на одній і тій же хромосомі, тобто гаплотипи. Включаючи інформацію з декількох сусідніх маркерів, гаплотипи зберігають загальну структуру і більш безпосередньо відображають справжні поліморфізми.
Найпростіший спосіб перевірити, чи існує зв’язок між гаплотипом і статусом хвороби, – це розглядати кожен гаплотип як окрему категорію, можливо, об’єднуючи всі рідкісні гаплотипи разом додатковий клас. Цей процес зазвичай виконується в два етапи: по-перше, оцінюються частоти гаплотипів, потім розраховується стандартний тест для асоціації, наприклад статистична статистика відношення правдоподібності. Щоб впоратися з роздутою статистикою тесту з-за оцінки гаплотипу, розподіл тесту під нулем може бути отримано випадковим перетасовуванням стану хвороби, а потім повторною оцінкою частот гаплотипів.
Хоча цей підхід дозволяє оцінити загальну зв’язок між гаплотипами і хворобою, він не дає висновку про вплив конкретних гаплотипів або особливостей гаплотипу. Для вирішення цих проблем ряд тестів конкретних ефектів гаплотипу засновані на ймовірності захворювання, де статус хвороби розглядається як результат, а гаплотипи вводять модель регресії як ковариаты. Суб’єкти з двозначними гаплотипами розміщуються шляхом обчислення очікуваного значення ковариатов, обумовленого генотипами суб’єкта, з використанням передбачуваних частот гаплотипів.
