Робота: нетрадиційна медицина і написання книг
Вже через два роки після закінчення університету Геннадій Малахов розпочав роботу в новому течії. Він заснував клуб під назвою «Бадьорість», де проводив лекції про те, як правильно харчуватися і чистити печінку. Крім того, чоловік проводив заняття у-шу і йогою на базі клубу. Вже в середині дев’яностих були опубліковані перші його книги, а саме «Цілющі сили» у двох томах. Потім вийшли «Як позбутися паразитів» (2003 рік), «Очищення польової форми життя» (2008 рік), «Очищення організму…» (2009 рік), «Повна енциклопедія оздоровлення» (2009 рік) і так далі.
Геннадій Малахов на телебаченні
У 2006 році на «Першому каналі» вперше вийшла телепередача про здоровий спосіб життя. Передача Геннадія Малахова називалася «Малахов плюс Малахов», він вів її разом з Андрієм Малаховим — шоуменом, журналістом, редактором журналу StarHit і викладачем журналістики в РДГУ. Через півтора місяці Андрій пішов, тоді змінили назву – «Малахов+». Співведучою Геннадія стала Олена Проклова, радянська і російська актриса і телеведуча.
Через чотири роки стався винятковий випадок. Передача Геннадія Малахова не вийшла в ефір, її терміново замінили «Знайомство з батьками». Послідовник нетрадиційної медицини просто не з’явився на зйомки. Його сусіди говорили, що Геннадій намагався вчинити самогубство, але зупинився вчасно. Пізніше він розповів журналістам, що втомився, у нього не залишилося ні моральних, ні фізичних сил, щоб продовжувати працювати на телебаченні. Крім того, ведучий сказав, що його дітище останнім часом «втратило народність», «стало важким».
Програма змінила назву, так що Малахов вирішив розірвати контракт з «Першим каналом». Представники телекомпанії відповіли, що це він може зробити тільки в тому випадку, якщо сплатить неустойку. Виплатити потрібно було 1,5-2 млн рублів. Малахов тоді скаржився, що в нього слабке серце, під час зйомок він пошкодив спину. Програма була закрита, до листопада 2012 року в ефір виходили тільки повтори.
Після цього інциденту, в 2010 році, Малахов перейшов на «Восьмий канал». Там він став ведучим програми «В гостях у Геннадія Малахова». Тоді він став широко відомий тим, що заявив в ефірі про можливості лікування вітрянки горілкою. У 2011 р. почав розповідати про очищення організму Геннадій Малахов вже на «Інтері» (Україна). Телепередача називалася «Здоровенькі були з Малаховим».
У 2012 році Малахов брав участь у програмі «З Новим Домом» на «Росії-1». Там він виступав експертом з нетрадиційних методів лікування. З 2012 по 2014 Геннадій Петрович працював з Ангеліною Вовк. Він вів «Доброго здоровьица!» на «Першому каналі». Крім того, брав участь (2016 рік) у програмі «Таблетка». З осені того ж року став ведучим «Таблетки» на «ТВ-3».
